1950年4月中國科學(xué)院在南京設(shè)立華東辦事處南京分處。

1951年2月中國科學(xué)院決定將華東辦事處南京分處改建為中國科學(xué)院南京辦事處。

1954年2月中科院上海、南京兩辦事處合并為華東辦事處，7月在寧設(shè)華東辦事處南京分處；

1955年2月華東辦事處南京分處更名為上海辦事處南京分處。

1957年2月上海辦事處南京分處改建為南京辦事處。

1958年4月江蘇省委決定在南京辦事處基礎(chǔ)上成立中國科學(xué)院江蘇分院；

1962年5月撤銷江蘇分院。

1966年1月，中國科學(xué)院成立中國科學(xué)院華東分院南京辦事處；

1969年10月撤銷南京辦事處。

1978年11月，經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)，恢復(fù)中國科學(xué)院南京分院；1980年元月南京分院正式成立。